L'església de sant Joan és l'única resta d'un antic priorat hospitaler de la comanda ribagorçana de Siscar. Es desconeixen els orígens del priorat, si bé tot sembla indicar que el definitiu impuls per a la seva creació va ser el testament d'Arnau Mir I de Pallars Jussà, que en 1171, deixava el comtat al seu fill Ramon V sota l'alt domini de l'Hospital. A la mort del comte, en 1174, i Ramon V no va estar d'acord amb aquest testament. Es van produir fortes disputes i enfrontaments,  que sembla van finalitzar amb la cessió de bens, el raval de Sant Joan i la jurisdicció de la seva parròquia, així com alguns drets jurisdiccionals a la vila de Montanyana i alguns alous a la zona.

Aquest priorat sempre va estar molt vinculat a la casa mare de Siscar, si bé en el segle XIV va gaudir d'una certa autonomia, tot i que en el segle XV va passar a estat sota l'obediència directa del comanador de Suterris-Siscar. El priorat va seguir actiu fins la desamortització de Mendizábal, moment en que va passar a dependre de la diòcesi d'Urgell. Aquest va ser l'inici de la decadència del temple, que fins fa uns anys estava amenaçant ruïna. Fins i tot es va ensorrar part de la volta en el sector de llevant. Per sort, en aquest cas si que va arribar a temps la intervenció de les autoritats i actualment llueix un molt bon aspecte.

El temple presenta una sola nau, coberta amb una volta de perfil apuntat, reforçada per dos arcs torals. Tant la volta com els arcs arrenquen d'una imposta bisellada, que ressegueix els murs laterals i l'absis semicircular amb que està capçada a llevant la nau.

 L'absis és totalment llis, a excepció de la finestra en forma d'espitllera i emmarcada dins d'un arc de mig punt, que s'obre en la part central.

En algun moment posterior a la construcció del temple es van edificar dues capelles laterals, de les que avui només es conserven els arcs apuntats amb que es comunicaven amb la nau.

S'accedeix al temple mitjançant dues portes: una oberta en el mur sud i la principal oberta en el mur oest.

La porta principal, datada al segle XIII, està formada per quatre arcs de mig punt en gradació, protegits per un guardapols.

Aquests arcs descansen en una imposta decorada a base de motius vegetals.

Els arcs parells es recolzen en dues parelles de columnes, que tenen els seus capitells esculpits amb una factura força simple. En el capitell més extern del costat esquerre veiem a un capellà, flanquejat per dos acòlits. El del costat esquerre sosté un ciri, mentre que el de la dreta porta un encenser.

El següent és de difícil interpretació. En la part central s'ha esculpit un personatge amb caputxa, que a la seva esquerra té un personatge ajagut, amb un braç a l'alçada del pit i l'altre com si es tapés els genitals. Algunes fonts consideren que aquesta figura està nua i es tapa amb els braços, mentre que per a altres estudiosos, senzillament està assenyalant a la figura central amb el braç dret. A l'altre extrem del capitell veiem un altre personatge, que porta un cavall, del que només veiem el cap i el coll.

Ja a l'altre costat de la porta, veiem un capitell on s'ha tornat a representar a un capellà, en aquest cas amb casulla, amb els braços oberts en actitud d'oració. L'acompanyen dos acòlits.

En el darrer capitell veiem la representació del sacrifici d'Isaac, amb una figura central que agafa dels cabells al personatge del costat esquerre, mentre que a la dreta, d'entre els núvols, sorgeix un àngel. Aquesta mateixa escena es va representar en la veïna església de Santa Maria de Baldós, el que explicaria l'existència d'aquesta escena en la portalada.

També estan esculpits els dos muntants de la porta. En el costat esquerre hi ha el cap d'un animal fantàstic, potser un lleó. A la dreta, en canvi, veiem el bateig de Crist per Sant Joan Baptista, titular del temple. Els acompanya un àngel.

Les arestes dels brancals han estat rebaixades amb bossells en els que s'han esculpit motius vegetals i caps humans.

En la part central de l'arc interior veiem pintada la creu de Jerusalem, flanquejada per dos mitges llunes, herència de l'ordre hospitalària que custodiava el temple.

Sobre aquesta porta trobem una gran finestra de mig punt formada per dos arcs de mig punt en gradació, envoltats per un guardapols.

Corona la façana un campanar de cadireta de dos pisos.

En el mur sud trobem una altra porta d'accés, formada per dos arcs de mig punt en gradació, l'exterior  fet amb grans dovelles i protegit per un senzill guardapols.

Durant les obres de restauració es van descobrir unes pintures murals en el mur nord, sota el cor, adaptades a l'espai, per tant va ser pintades posteriorment a la construcció del cor. Malauradament només s'ha conservat la part corresponent als registres superiors. El seu estil s'adiu amb el gòtic lineal, probablement fetes a final del segle XIV o principis del XV. En elles es representa la història de les onze mil verges. Podem veure en l'extrem superior esquerre un vaixell en el que es s'entreveuen nombrosos caps femenins. En la part central hi ha una imatge de Santa Úrsula, protagonista de la història. En la part superior dreta veiem a la Santa durant el seu martiri a mans del general dels Huns. Sota aquesta escena veiem el que semblen unes monges.

També es van descobrir durant la restauració les mènsules de fusta, decorades en estil mudèjar, en que es recolzava el cor elevat.

En l'exterior del temple podem veure alguns sarcòfags i restes d'enterraments.